הייחודיות של הפרויקט הלאומי מתבטאת בשיתוף בני קהילה האתיופית. לשם כך, מדי שנה מתקיימת תכנית שמטרתה להכשיר נציגים משפיעים מתוך הקהילה ברמה העירונית על מנת להניע שינויים במישור החברתי והחינוכי. הנציגים מאותרים ומגובשים לקבוצה מלוכדת אשר עוברת הנחייה בנושאי מנהיגות ומעורבות בקהילה. עם סיום ההכשרה הנציגים מייצגים את הקהילה בועדות ההיגוי השונות, ותפקידם העיקרי הינו בייצוג וקידום צרכי הקהילה אל מול הארגונים החברתיים השונים אשר פועלים ביישובם. הפרויקט הלאומי פועל על מנת לקדם את כוח הנציגים גם ברמה הארצית.
בשנת תשע"ט הפעיל הפרויקט הלאומי לקהילה האתיופית בישראל בשיתוף עם שגרירות ארה"ב הMEPI תכנית פיילוט של מנהיגות צעירה בקרב התלמידים יוצאי אתיופיה ואחרים מכיתה ז'-י"ב בה השתתפו 150 תלמידים בתשע ערים. גם השנה יפעיל הפרויקט הלאומי תכנית זו. מר רוני אקלה מנכ"ל הפרויקט הלאומי מדגיש שפרויקט המנהיגות מושתת על ערכים דמוקרטיים ומהווה השג חשוב וחינוכי בטיפוח מנהיגות נוער נבחר. עוד הוא מדגיש כי הפרויקט מזמן התנסות באזרחות פעילה ביחד עם שמירה על זכויות האדם ,האזרח והקהילה לצד העמקת ההכרות עם ההיסטוריה והמורשת ובתוך כך משולבים גם סיורים כמו ביקור בכנסת ישראל ובאנדרטה לזכר הנופלים של בני הקהילה בדרכם לישראל. רוני מוסיף ואומר: " אין לנו ספק שבלווי והדרכה מתאימים ניתן יהיה להביא למנהיגות עתידית ושילובם המוצלח של התלמידים בתפקידי הנהגה במדינת ישראל" במסגרת תכנית המנהיגות התלמידים הכירו בחשיבות העשייה למען הכיתה בתוך ביה"ס , בקהילה ובהובלה במעגלי החברה הרחבים יותר כמפתח להצלחה ולשילוב מיטבי ומשמעותי בחברה כולה.
הם זכו במהלך השנה להכיר ולהבין מקרוב מגוון תפקידים ונותני שירותים במגזר הציבורי וברשויות המקומיות וכן לתרום ולהשתלב בעצמם במשימות השונות בשטח. רכישת כלים ומיומנויות מנהיגותיות המובילות לשיתוף פעיל ויזום במסגרת מנהיגות נוער וכן בפרויקטים נוספים המתקיימים ברשות המקומית ביחד עם העלאת צרכי התלמידים והקהילה האתיופית על סדר היום של הרשות המקומית ושל הפרויקט הלאומי